epidemiología

Umbralistas vs antiumbralistas

Dentro de ese submundo de la estadística (¿o de la epidemiología?) que estudia qué es seguro y qué no y los riesgos para la salud de diversos productos o prácticas, existen dos familias de difícil reconciliación: los umbralistas y los antiumbralistas. Sus posiciones pueden ilustrarse gráficamente así: Las posiciones típicas de los umbralistas quedan resumidas aquí. Los antiumbralistas suelen ser más mediáticos (a la prensa le encantan afirmaciones del tipo: ¡el alcohol causa X desde la primera gota!

La lotería del hardware y la cámara de resonancia académica

El artículo The Hardware Lottery es, hasta cierto punto, informativo. En el fondo, no dice nada que no supiésemos ya: que ciertas ideas, algoritmos, procedimientos, métodos, en diversas disciplinas (¡no en matemáticas!) triunfan esencialmente porque les toca la lotería del hardware. No es que sean las mejores desde una perspectiva actual —podría usar aquí los términos etic y emic a lo ovetense— sino que fueron afortunados y bendecidos por el hecho de estar a la (típicamente, medianeja) altura de los tiempos medidos en términos del desarrollo del hardware.

De "la fiebre amarilla de Cádiz y pueblos comarcanos" de 1800

Esta entrada está motivada, en última instancia, por la lectura del libro (muy recomendable, por otra parte), The Art of Statistics: Learning From Data, de David Spiegelhalter. Sus muchas virtudes hacen, por contraste, que relumbre particularmente un defecto característico de toda esa creciente literatura sobre el tema: su aburridor anglocentrismo. Que si el médico devenido asesino en serie, que si los cirujanos de Bristol, que si el manidísimo John Snow (que esta vez, en este libro, de casualidad, no aparece),…

Un recordatorio: MOMOCalor está "up and running"

Por desgracia, MoMo ya no exige presentación. Pero con los termómetros acariciando los 40º no está mal recordar la existencia de MoMoCalor, su hermanito, que trata atribuir mortalidad a los excesos de temperaturas. ¿Por qué es particularmente importante MoMoCalor hoy? Recuérdese que MoMo estima, simplemente, desviaciones de mortalidad con respecto a la que sería la normal en una fecha determinada. Cuando hay una epidemia o una ola de calor, la mortalidad crece y MoMo lo detecta.

¿42.000 muertes por coronavirus? Una corrección de la heterogeneidad

Publica hoy (cuando escribo) El Confidencial el artículo 42.000 muertes por covid: un estudio eleva la mortalidad un 76% sobre la cifra oficial citando el Estudio del exceso de mortalidad motivado por pandemia de Covid-19 de unos ingenieros de la UPM que corrige al alza los números de MoMo. El resumen es simple: MoMo no recoge todas las defunciones, solo las de los registros civiles informatizados. Aunque la cobertura sea del ~95% de la población española, hay diferencias grandes por CCAA (y aún más, aunque no haya cifras públicas al respecto, por provincia).

Be-MOMO

Hay comparaciones odiosas. Así que no voy a comparar con nada. Voy a limitarme a invitaros a ver cómo divulgan información epidemiológica en Bélgica: Coronavirus: panel de control y datos Enfermedades infecciosas Mortalidad Enfermedades de transmisión sexual ¡Garrapatas! Gripe Con su documentación, sus referencias, etc. y en inglés, además. En fin.

El modelo SIR con inferencia

El modelo SIR es deductivo: dados una serie de parámetros, plantea una ecuación diferencial cuya solución es perfectamente limpia y determinista, tal como gusta a matemáticos y físicos: Pero, ¿quién y cómo le pone al gato el cascabel de determinar los parámetros más adecuados para el modelo? Los parámetros son inciertos, ruidosos y producto de los datos que el modelo mismo quiere representar. Lo suyo sería enlazar la ecuación diferencial

Dos escenarios mutuamente incompatibles: extinción o cronificación

El primero es el chino. Es el que se aplicó a otras crisis víricas (SARS, etc.), a la viruela y a la polio. Consiste en aplicar medidas drásticas hasta que el virus desaparezca. De hecho, hay provincias en china que llegaron a tener un número importante de casos, pero donde ya no quedan casos activos: El otro es el escenario RU: el virus va a seguir entre nosotros y todos, en algún momento u otro vamos a pasar por él (o, más propiamente, a la inversa).

La causa de muerte no es la causa de muerte

[Este es un aviso para todos aquellos que depositan una excesiva fe en lo que nos cuenta el INE.] La causa de muerte no es la causa de muerte. Al menos, necesariamente. Lo que el INE llama causa de muerte es una imagen distorsionada de la causa de muerte por culpa de un embudo administrativo. Comiendo con unos epidemiólogos en el ISCIII hace un tiempo, me decían, con cierta envidia, cómo en otros países como Dinamarca, se registraban hasta ocho causas de muerte: la última, la concomitante, la… Y bromeaban diciendo que, al final, todos nos morimos de parada cardiorrespiratoria.

Una R-referencia con referencias para epidemiólogos circunstanciales

Lo del coronavirus nos ha convertido a todos en epidemiólogos circunstanciales. Casi ninguno de vosotros tenéis acceso a los datos necesarios para hacer cosas por vuestra cuenta, pero sí, tal vez gracias a esta entrada, las herramientas necesarias para ello. Podéis empezar por el paquete survellance de R, que implementa muchos de los métodos más modernos para la monitorización de brotes epidémicos. En particular, puede que os interese la función bodaDelay, intitulada Bayesian Outbreak Detection in the Presence of Reporting Delays, y que implementa una serie de métodos para estimar el número real de casos cuando las notificaciones de los positivos llegan tarde.

La población envejece pero, ¿envejecen también los grupos de edad?

La pregunta es relevante porque en demografía, epidemiología y otras disciplinas entre las que no se suele contar la economía, se suele agrupar la población en grupos de edad (y/u otras variables relevantes). Son habituales los grupos de edad quinquenales y la pregunta es: ¿son homogéneos dichos grupos de edad a lo largo del tiempo? No es una pregunta baladí: ha dado lugar a noticias como Why So Many White American Men Are Dying que no, no se explican por la desesperación o por la epidemia de opioides sino por el envejecimiento relativo de los grupos de edad en cuestión.

DLMs

O Distributed Lag Models (véase, por ejemplo, dLagM). Son modelos para estimar el impacto de una serie temporal sobre otra en situaciones como la siguientes: Una serie mide excesos de temperaturas (en verano). La otra, defunciones. Existe un efecto causal (débil, pero medible) de la primera sobre la segunda. Pero las defunciones no ocurren el día mismo en que ocurren los excesos de temperaturas, sino que suelen demorarse unos cuantos días.

Modelización de retrasos: una aplicación del análisis de supervivencia

En vigilancia epidemiológica contamos eventos (p.e., muertes o casos de determinadas enfermedades). Lo que pasa es que el caso ocurrido en el día 0 puede notificarse con un retraso de 1, 2, 3… o incluso más días. En algunas aplicaciones, incluso semanas. ¿Cómo estimar el número de casos ocurridos el día 0 el día, p.e., 5? Se puede aplicar el análisis de la supervivencia donde el evento muerte se reinterpreta como notificación.