Paquetes

Ayer hablaba con Juan José Gibaja (al que finalmente conocí en persona) y me contaba cómo había usado un paquete de R —no recuerdo cuál— que misteriosamente había desaparecido de CRAN.

—¡Imposible! Los paquetes no desaparecen: quedan huérfanos.

Efectivamente, en la lista de paquetes de CRAN, abajo, se mencionan los llamados paquetes húerfanos. Según el README, se trata de paquetes cuyos autores o mantenedores

• han decidido desentenderse del paquete o
• los mensajes que les envían desde CRAN rebotan o no son contestados.

Tales paquetes pasan al estado ORPHANED y se mantienen en CRAN mientras pasen los checks. Pero, conforme avanzan las versiones de R, puede que algunos de esos paquetes dejen de compilar y entonces son archivados. Existe una lista de paquetes huérfanos archivados cuya última versión puede encontrarse aquí.

La segunda entrada en mi serie sobre la creación de paquetes con R cubre los primeros pasos en la creación de uno. Bastan para tener una primera versión de un paquete en minutos. Pero antes, unos consejos generales:

1. Usar algún tipo de sistema operativo basado en Unix: Linux, Mac OS, etc. o Cygwin en el peor de los casos. Tengo que confesar que yo comencé a usar Linux precisamente por este motivo: los procedimientos y herramientas que se utilizan para construir paquetes de R están influenciados por la tradición Unix. Es cierto que se han creado herramientas para poder desarrollarlos desde Windows pero, después de haber trabajado en Linux, me parecen incómodas y antinaturales: pasar de Linux a Windows es como pasar del Ferrari al borriquillo.
2. Registrar el proyecto en R-Forge, como ya hemos comentado previamente. Dadas sus ventajas —siendo una de las principales permitir probar el paquete sobre varias plataformas distintas (Linux, Mac y Windows) automáticamente— sólo se me ocurre un motivo para no utilizarlo: como el código está públicamente disponible, no es válido para desarrollar aplicaciones cerradas y propietarias.
3. Utilizar subversion (o git). Si el proyecto se aloja en R-Forge, subversion es la opción por defecto. Utilizar subversion permite gestionar mejor el desarrollo del paquete y facilita la colaboración entre los diversos autores.

La manera en la que recomiendo comenzar a crear un paquete es partiendo de una serie de funciones ya desarrolladas previamente. Ni siquiera hace falta que estén terminadas ni que funcionen correctamente. Por ejemplo, podemos tener las dos funciones siguientes:

Me consta que algunos de mis lectores están al tanto de eso que llaman investigación reproducible. De acuerdo con la Wikipedia (en inglés),

[E]l término investigación reproducible se atribuye a Jon Claerbout, de la Universidad de Stanford y se refiere a la idea de que el producto final de la investigación no debería circunscribirse a un artículo sino comprender también el entorno computacional completo usado en la generación de los resultados que contiene, tales como el código, los datos, etc. para que puedan ser reproducidos y se pueda avanzar a partir de ellos.

Por popular demanda, voy a comenzar una serie de entradas sobre desarrollo de paquetes con R. Mi idea consiste en establecer un diálogo con mis lectores que me permita pulirlas para acabar escribiendo un documento que pueda resultar útil a los usuarios de R.

En el primero me voy a limitar a explicar para qué puede resultar útil desarrollar paquetes. Lo voy a hacer desde mi experiencia de desarrollador y desde el particular punto de vista de mis hábitos y manías personales. Y no sería justo proseguir sin anunciar (o confesar) que una de las más pugnaces es la de mi aversión al caos.

Construir paquetes multiplataforma con R supone todo un reto para quienes tenemos un acceso limitado o nulo a determinados sistemas operativos. En particular, a muchos nos resulta complicado acceder a una máquina Windows con todas las herramientas necesarias para crear y comprobar los paquetes.

Pero Uwe Ligges, el encargado de los paquetes binarios de Windows para CRAN, ha puesto en funcionamiento un servicio para poder compilarlos. En la página de información de este servicio pueden consultarse las instrucciones para subir los paquetes y los caveats:

Me llegó el otro día información acerca de un curso sobre métodos para afrontar el problema planteado por los valores no informados (missing observations) que su autor agrupaba bajo etiquetas bastante simpáticas: el bueno, el malo y el impensable. Tal vez faltaba el feo, tal vez porque lo son todos ellos, igual que el bendito problema que suponen. Añadía, sin mayores abundamientos, que

• explicaría cómo la solución común es en general la peor;
• mostraría por qué cierta solución sencilla, relativamente común y con mala fama no es habitualmente tan mala, explicando, además, cuáles son las situaciones en las que funciona y no funciona e
• indicaría dos soluciones que proporcionan resultados insesgados, una de las cuales es sencilla de implementar pero sólo funciona en ciertas circunstancias y la otra, aunque más complicada, funciona siempre.

Es un planteamiento un tanto comercial y no exento de gancho. Sin embargo, para el interesado en estos temas, traigo a colación dos artículos que ofrecen dos perspectivas algo distintas sobre este problema. El primero es una panorámica de procedimientos y herramientas existentes para encarar el problema de los valores no informados (en el contexto del análisis de la regresión, pero fácilmente extrapolables a otros similares), _Much Ado About Nothing: A Comparison of Missing Data Methods and Software to Fit Incomplete Data Regression Models _. El segundo es un informe de la Agencia Europea del Medicamento, Guideline on Missing Data in Confirmatory Clinical Trials, que sostiene una postura razonablemente paranoica al respecto (resumidamente: en caso de duda, siempre la solución más conservadora).

Busco alpha testers para mi paquete rPython. El paquete es la evolución natural de rJython, un paquete de R que permite llamar a Jython, el dialecto de Python que corre sobre la máquina virtual de Java, desde R.

rPython permite llamar al verdadero Python. Funciona perfectamente en mi máquina, pero necesito ver qué problemas de instalación y uso aparecen en otras plataformas. De momento, sólo funcionaría sobre plataformas UNIX o Linux. Me sorprendería lo indecible que funcionase también sobre Windows: sería toda una casualidad.

Me complace anunciar la subida a CRAN de la versión 0.7 del paquete colbycol.

La diferencia esencial con respecto a la anterior es:

• Utiliza el paquete filehash para crear el objeto que almacena los datos en disco.
• Incorpora algunas mejoras de uso sugeridas por los usuarios que facilitan la manipulación de los datos.

Espero poder publicar un estudio comparado del rendimiento en los próximos días.

Parcialmente en agradecimiento a Revolution Analytics por haber concedido una subvención a las III Jornadas de usuarios de R voy a discutir en esta entrada cómo paralelizar bucles usando los paquetes foreach y doMC desarrollados por dicha empresa.

El paquete foreach contiene, esencialmente, una única función, foreach, que, en su forma más básica, permite ejecutar bucles con una sintaxis un tanto peculiar:

foreach( i = 1:3 ) %do% log( i )

Volveré sobre algunas operaciones interesantes y bastante útiles que permite realizar esta función porque, de todas ellas, hoy me ocuparé sólo de una: la que abre la puerta de una manera sencilla a la paralelización de bucles.

Hace unos días subí a CRAN la última versión de mi paquete colbycol. Incluí algunas mejoras sugeridas por uno de sus usuarios así como otras que estaban esperando a que liberase mi agenda. Además, añadí un pequeño tutorial en la página del paquete.

El paquete colbycol está pensado para resolver —aunque sólo sea parcialmente— uno de los problemas más acuciantes de quienes usamos R para el análisis de datos muy grandes: leer ficheros de datos de gran tamaño.