Seguimiento del coronavirus en «tiempo real» con R

Mi código (guarrongo) para seguir la evolución del coronavirus por país en cuasi-tiempo real:

library(reshape2)
library(ggplot2)

url <- "https://raw.githubusercontent.com/CSSEGISandData/COVID-19/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series/time_series_19-covid-Confirmed.csv"
cvirus <- read.table(url, sep = ",", header = T)

cvirus$Lat <- cvirus$Long <- NULL
cvirus$Province.State <- NULL

cvirus <- melt(cvirus, id.vars = "Country.Region")

colnames(cvirus) <- c("país", "fecha", "casos")

cvirus <- cvirus[cvirus$país %in% c("Italy", "Spain"),]
cvirus$fecha <- as.Date(as.character(cvirus$fecha), format = "X%m.%d.%y")

ggplot(cvirus, aes(x = fecha, y = casos, col = país)) + geom_line()


tmp <- cvirus
tmp$fecha[tmp$país == "Spain"] <- tmp$fecha[tmp$país == "Spain"] - 9
ggplot(tmp, aes(x = fecha, y = casos, col = país)) + geom_line()

tmp <- tmp[tmp$fecha > as.Date("2020-02-14"),]

ggplot(tmp, aes(x = fecha, y = log10(casos), col = país)) + geom_line()

Los datos están extraídos de aquí, por si alguien quiere reemplazar casos por defunciones o recuperados.

6 comentarios sobre “Seguimiento del coronavirus en «tiempo real» con R

  1. Jose Luis Cañadas Reche 9 marzo, 2020 23:40

    Gracias por compartir, Carlos. Creo que te falta el enlace a los datos de la john hopkins

  2. Dav 10 marzo, 2020 15:06

    Podemos desplazar los casos de Italia en vez de los nuestros y así se amplia la comparativa:
    tmp$fecha[tmp$país == "Italy"] <- tmp$fecha[tmp$país == "Italy"] + 9

    y sí, va clavada

  3. Mercedes 22 marzo, 2020 17:53

    Hola,

    Muchas gracias por compartir! Pregunta medio tonta, pero por qué estás desplazando los casos 9 días?

  4. Carlos J. Gil Bellosta 22 marzo, 2020 21:09

    Porque la primera versión del código, ya vieja, la hice hace un tiempo cuando se quería medir el decalaje entre la evolución del coronavirus entre Italia y España, es decir, cuántos días de retraso llevábamos. El óptimo era 9.

  5. Enrique 26 marzo, 2020 13:43

    Hola,
    Muchas gracias por estos datos, son de mucha ayuda.
    Una pregunta de principiante:
    Tengo el programa R instalado. ¿Cómo debo de ejecutar el código? ¿Me podrían ayudar?

    Muchas gracias por adelantado,
    Saludos y nuevamente gracias.

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