Ficheros KML con R y ggmap

Fácil:

library(maptools)
library(ggmap)

# un fichero bajado el Ayto. de Madrid
# (catálogo de datos abiertos)
rutas <- getKMLcoordinates("dat/130111_vias_ciclistas.kml")

# procesando el fichero kml
rutas <- lapply(1:length(rutas),
    function(x) data.frame(rutas[[x]], id = x))
rutas <- do.call(rbind, rutas)

# mapa de Madrid
mapa <- get_map("Madrid",
    source = "stamen", maptype = "toner",
    zoom = 12)

# pintando los tramos sobre el mapa
ggmap(mapa) + geom_path(aes(x = X1, y = X2,
    group = id), data = rutas,
    colour = "red")

produce

rutas_ciclistas_madrid

Nota: KML es esto.