Ficheros KML con R y ggmap

Fácil:

library(maptools)
library(ggmap)
 
# un fichero bajado el Ayto. de Madrid
# (catálogo de datos abiertos)
rutas <- getKMLcoordinates("dat/130111_vias_ciclistas.kml")
 
# procesando el fichero kml
rutas <- lapply(1:length(rutas), function(x) data.frame(rutas[[x]], id = x))
rutas <- do.call(rbind, rutas)
 
# mapa de Madrid
mapa <- get_map("Madrid", source = "stamen", maptype = "toner", zoom = 12)
 
# pintando los tramos sobre el mapa
ggmap(mapa) + geom_path(aes(x = X1, y = X2, group = id), data = rutas, colour = "red")

produce

rutas_ciclistas_madrid

Nota: KML es esto.